1914年春夏之交，“白狼”率部进入陕西，震动了全省。陕北官府乘机诬告樊钟秀是“白狼”的同乡同伙，要求陕西都督陆建章派兵剿除。陆建章派其子陆承武的把兄弟商震率领陆军步兵一团前往陕北准备清剿。樊钟秀闻此消息后，认为自己部队虽然在打土匪、民团时所向披靡，但是没有与正规军打过仗，因此和郭金榜、徐老毛、马水旺等首领商量之后，认为好汉不吃眼前亏，不可与正规军硬拼，决定采取化整为零的办法隐蔽起来。商震率部队到达陕北以后，四处搜寻，但始终找不到所谓的“白狼”匪军，只得悻悻而回。
陆建章见“清剿”难以成功，就另想“歪”点子，准备改“剿”为“抚”，派人拉拢、收编樊钟秀。这时，袁世凯正在处心积虑的筹划登基称帝，陆建章是地方实力派中积极的支持者。1915年的隆冬，正在陆建章准备收编樊钟秀之际，陕西革命党人惠友光闻讯赶到了黄龙山。惠友光向樊钟秀讲述了陆建章与袁世凯的历史渊源、陆督陕后的累累罪行和陕西“反袁逐陆”的形势，并劝他说：“陆建章是袁世凯的走狗，袁世凯是民国的敌人，不可助陆，留下万世骂名。”樊钟秀接受了惠有光的劝告，立即切断了与陆建章的联络。同时，他亲拟讨袁檄文，通电全国。这时，陕西军阀陈树藩派人来联系樊钟秀，相约联合“驱陆出陕”。樊钟秀与惠友光商议之后，答应了陈树藩的要求，断绝了延安通往关中的交通，和陈树藩、胡景翼等关中部队遥相呼应，商震、陆建章等先后逃出陕西。此时，樊钟秀的人马超过1000余人，拥有枪支1000多支，战马100多匹，成为陕北最强的民众力量。
“驱陆出陕”成功之后，1916年6月，陈树藩就任陕西都督后，投靠了北洋军阀。革命党人士胡景翼、郭坚、曹世英等树起陕西靖国军旗帜，起兵反对陈树藩。这年冬天，樊钟秀在不明就里的情况下，接受了陈树藩的改编，任陕西陆军第四混成旅骑兵营长。但是，樊钟秀仍率所部驻防和活动在原来的地区，维持地方上的社会秩序。陕北、河南的革命党人、早期同盟会员刘觉民、惠有光、郑思成等与他建立了紧密联系，私交甚厚，樊钟秀受到革命思想影响也越来越深。
1917年底，樊钟秀奉命南下，与陈树藩的第二混成旅旅长曾继贤合兵一起，攻打靖国军基地三原，失败后退守泾阳。革命党人曹世英派人与樊密约里应外合夺取泾阳，后因联络失误举事未成。不久，胡景翼部张义安等率队攻打西安，陈树藩急调樊部救援。樊部驻西安城内东大街，后移城西南之鱼化寨、甘家寨、木塔寨一带，与张义安部对垒。一天，张义安率所部乘夜攻进鱼化寨，解除了樊部一个连的武装，又亲自面见樊钟秀，晓以大义，促其起义。其实，樊钟秀对陈树藩附逆北京政府心有不满，遂决定脱离陈树藩，加入靖国军。
1918年初，樊钟秀在靖国军将领、原同盟会会员邓宝珊等人的帮助下，在两军交战的阵前，毅然率部脱离陈树藩，加入了靖国军。他把部队开到后方整顿，整顿过程中邀请革命党知名人士张钫来指导工作。在张钫的帮助下，樊钟秀对孙中山领导的革命以及护法战争、靖国军的性质有了深刻的认识，他深有感触地说：“我瞎闹了几年，今天才找到了正路。”
不久，孙中山派于右任从广州来到陕西，任靖国军的总司令，任命张钫为副总司令。樊钟秀参加靖国军后，任靖国军第二路军司令，刘觉民任参谋长，在于右任、张钫的直接领导下，进一步接受到孙中山革命思想的熏陶。
陈树藩为了对付日益强大的靖国军，一边向北京政府求援，一边以“陕西省长”为诱饵，力邀刘镇华率镇嵩军入陕相助。同年四月，樊钟秀得悉陈树藩在保定训练的一个旅进驻潼关，遂接受惠又光的建议，突袭潼关，将陈军击溃，缴获大批武器弹药，三天后仍撤回商南。次年6月，樊钟秀率部进驻蓝田，奔袭西安灞桥，击溃陈军一个团，旋即又击败进驻零口的刘镇华部。樊钟秀接连获胜，鼓舞了靖国军的士气。陈树藩恼羞成怒，再三催促刘镇华率所部镇嵩军全线出击，势单力薄的樊钟秀撤至周至城内固守。
这时，执掌北京中央政府的段祺瑞调奉、直、豫、晋、甘等省兵力来陕增援陈树藩，对靖国军各路同时展开攻击。在这种情况下，樊钟秀的部队以及靖国军其它各路纷纷不支，损失惨重。奉军许兰洲师与陈树藩有隙，有与靖国军联合倒陈之意。靖国军各路领导人因转战多年，伤亡惨重，器械缺乏，又无援助，便决定加入奉军。于是樊钟秀率部加入了奉军许兰洲师，后又编入了吴佩孚的直系部队，开往河南。
在此期间，樊钟秀先后任团长、旅长、豫西剿匪司令等职。虽然部队编入了军阀队伍，但樊钟秀一心向往着孙中山领导的革命。1923年初，孙中山被叛军陈炯明赶出广州，暂时避居上海，革命处在极端困难之际，樊钟秀趁革命党人刘觉民赴沪之便，托刘向孙中山陈述自己的仰慕之情。孙中山感到在困难时期樊钟秀能心向革命不动摇，十分难能可贵，相互建立了信任和书信联系。
1923年4月，在各派势力将陈炯明叛军逐出广州后，孙中山重回广州，就任陆海军大元帅，重组革命政府。这年的5月，奉吴佩孚的命令，樊钟秀的部队分别驻扎在江西赣州、广东南雄两处，分别归赣南镇守使方本仁、南雄镇守使邓如琢指挥。10月份，曹锟通过贿赂国会议员而当选为北洋政府大总统，孙中山下令讨伐曹锟。与此同时，北洋政府任命军阀沈鸿英为广东军务督办，另行组织省府，与孙中山对抗。
沈鸿英率部进攻广州，但被孙中山的革命军打败。吴佩孚派江西都督蔡成勋、赣南镇守使方本仁、南雄镇守使邓如琢以及常得胜师援助沈鸿英进攻广州，樊钟秀也受命随常得胜师南下。樊钟秀接吴佩孚的命令后，立即派人南下汉口，与刘成禺、熊继贞等革命党人会晤。樊钟秀派代表与刘成禺携带自己的亲笔书，赴粤晋见中山先生。孙中山接见后，即派陆军部长程潜与驻汉联络处熊继贞联系，策划樊钟秀南下投奔革命之事。
樊钟秀部南下途经岳阳时，又派自己的表兄莫庆斌和副官李肖庭、王鼎洛赴广州汇报具体情况。莫庆斌等人在返回途中，遭到跟踪后被蔡成勋部队抓获，并查出南方革命党人给樊钟秀的书信。樊钟秀的行动计划暴露，莫庆斌被枪杀。吴佩孚密令蔡成勋率2个师和4个旅与沈鸿英3个师于粤赣边界驻守，待机围歼樊钟秀部队。樊钟秀部进驻吉安时，获悉设在南昌的留守处被查抄，遂又急派人去广州联系，准备从速举义之事。来人经凌锥介绍见到孙中山，孙中山亲笔写了回信，赞誉樊钟秀的革命行动，并颁赏10万元，命令元帅府秘书长杨庶堪派觉慧入赣与樊钟秀联络。樊钟秀得到孙中山的回信后，十分高兴，命令部队急速南下。10月28日晨，樊钟秀部行经遂川时，突然被蔡成勋部和方本仁部包围，经过一个多小时的血战，终于将敌人击败，并缴获大量枪支。
11月6日，樊钟秀部按原计划发电拥护孙中山，就任广州军政府委任的讨贼军豫军总司令。孙中山听到此消息后，非常高兴，当即派人写信给樊钟秀，派慰问团前去慰问，并补
给枪支弹药。随后，樊钟秀奉孙中山先生之命，率领部队开赴赣南，在缺少弹药并且编制不足的情况下，英勇奋战，打垮桂系沈鸿英的3个师，收复南雄。12日，部队进驻韶关，控制了广州的北方门户，并电告孙中山。同日，孙中山发出训令，表彰樊钟秀“精诚爱国，首义赣南，诸部将官士卒，俱能深明大义，戮力同心，据览敷陈，至堪嘉许”。这是樊钟秀第一次受到孙中山表彰。
1923年11月，在吴佩孚的策动下，叛军陈炯明率数万之众再次侵犯广州。当时的广州危机四伏，驻守广州支持孙中山的滇军、桂军等部队接敌即溃，陈炯明叛军很快占领了博罗、石龙等地。14日后，又接连占领广州近郊的石牌、白云山、瘦狗岭。在这里，叛军在山上架起了大炮，准备用炮轰击大元帅府，形势万分危急！
为了鼓舞士气对付叛军，孙中山先生在自己58岁寿辰这天，亲自到石滩的火车站督战，但因大本营被溃军冲散，警卫人员不得不强行将他拉到一个火车头上，退至广州。陈炯明的叛军尾随其后，紧追不舍，截断了广九铁路，并炮击大元帅府。当时有人劝孙中山往后撤退，暂避风险，但孙中山严词拒绝。
当夜，孙中山发急电，命樊钟秀率部火速开至广州平叛。15日樊钟秀接到命令，立即整军开拔，连夜动身，16日即开抵黄沙车站，跑步赶至广九火车站。到达车站后，得悉敌军已经逼近郊区，情况万分紧急，于是樊钟秀立即率领部队投入战斗。
此时，樊钟秀所部只有8000余人，但他毫不示弱。出发前，樊钟秀下命令说：“此次保卫广州作战，是奉孙大元帅命令，生死都光荣。只准进，不准退；只准胜，不准败。谁都不能当孬种！”樊钟秀凭借自己的一身武功，率领马弁连和武术营，手提大刀，赤膊冲在队伍的最前沿。全军振奋，分4路纵队，拼死向前，一路冲杀。陈炯明叛军从未见过此种阵势，刀下丧胆，纷纷溃逃。经过一夜激战，陈炯明全线退却，樊部乘胜追击，收复了石龙、博罗及九龙车站，广州转危为安。
樊钟秀率部回到广州时，孙中山先生亲自前往迎接。在未见樊钟秀之前，孙中山早已经听闻他的豪侠之名，以为他一定是个形态威猛的粗豪大汉。谁知，站在面前的樊钟秀竟然是一个温文儒雅、白面书生式的人物，而且态度颇为谦恭谨慎。一见到樊钟秀，孙中山便拉着他的手说：“好，好，好同志！”这让早就向往革命的樊钟秀感到受宠若惊。他万万想不到，一代革命领袖竟然如此亲切随和。
樊钟秀率部回到广州时，孙中山先生亲自前往迎接。在未见樊钟秀之前，孙中山早已经听闻他的豪侠之名，以为他一定是个形态威猛的粗豪大汉。谁知，站在面前的樊钟秀竟然是一个温文儒雅、白面书生式的人物，而且态度颇为谦恭谨慎。一见到樊钟秀，孙中山便拉着他的手说：“好，好，好同志！”这让早就向往革命的樊钟秀感到受宠若惊。他万万想不到，一代革命领袖竟然如此亲切随和。
在庆功宴上，孙中山让最年轻的樊钟秀坐在了首席，还给樊钟秀颁发了“一等文虎章”，委任他为建国豫军总司令，授予陆军上将的军衔。孙中山嘱咐樊钟秀好好整练部队，准备北伐。樊钟秀在会上发言，表示坚决拥护孙中山北伐，反对北洋军阀。从此，樊钟秀对孙中山先生建立了坚定不移、拥护到底的信仰。
1924年，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开。由于战功卓著，樊钟秀被大会选举为中央候补监察委员。会后，孙中山携夫人宋庆龄去樊钟秀家中探望。孙中山见樊家生活拮据，赠送2000元大洋，补助家庭生活，还为樊刚生不久的儿子起名叫“得胜”，意思是表扬樊钟秀的战功。在与樊钟秀交谈中，孙中山感叹地说：“我若早遇到你10年，革命的成功就顺利得多啦！”
孙中山和夫人宋庆龄对樊钟秀一家的关心和爱护，极大地鼓舞了樊钟秀，使他的革命信念更加坚定了。从此以后，樊钟秀笃守“三民主义”并在孙中山先生的领导下，东征西讨，为革命立下赫赫功勋，多次获得孙中山先生的表彰。
1925年，孙中山先生积劳成疾，在北京逝世。在中央公园社稷坛公祭时，时任豫军总司令的樊钟秀特一副宽丈余、高五尺送巨型素花横额，当中大书“国父”两字。他的唁电挽幛，均称“国父”，这是中山先生在公开场合被尊称为“国父”的开始。1930年，国民政府通令全国，尊称孙中山先生为中华民国国父，“国父”这一称呼遂流传至今。
在中山先生逝世之后，樊钟秀笃守“三民主义”不动摇，继续为革命南征北战，先后在河南、江西等地与吴佩孚、阎锡山、张作霖等军阀作战，配合国民革命军北伐。特别值得一提的是，他在“五卅”运动中表现出了爱国爱民的革命精神。他多次发表通电，义无反顾地声援上海等地的工人，声讨帝国主义惨害我国民之暴行；号召所属官兵节衣缩食，捐款5万银圆给罢工的工人，派代表慰问上海受伤的工人和学生；倡议发行爱国公债，筹集资金，创办工厂，安置失业工人；宣传沪、粤、汉、浔惨案真相，呼吁中国军人精诚团结，一致对外；在临颖创办沪案后援建国军军官学校，招收爱国青年1000多人参加学习，为部队培养人才，提高部队的素质；坚持收回租界，取消不平等条约和武力对抗帝国主义主张。
1925年4月，岳维俊接任豫督，樊钟秀坚持建国豫军旗帜不动。1925年9月下旬，樊军移驻新乡、卫辉、彰德等地，在安阳与邓宝珊共定攻打山西计划。12月，樊部从武安出发，借口“晋豫交界土匪充斥，后方可虞”，占领晋豫交界的之峻极关，攻入辽县、和顺，悄悄翻越摩天岭隐蔽小道攻占辽州。山西陆军第1师师长商震为前敌总指挥，率军迎击于辽州以西，分向昔阳、摩天岭、韩王镇、淇水镇各处堵截，在南安东云山将樊军颜芝兰部毙伤600人，晋军第11旅李德懋部由支锡镇抄击樊钟秀部赵天清的部退路摩天岭狭道。由于樊军孤军深入，在此死伤3000余人。1926年初，樊钟秀率军返回豫西防地，仍然占据豫西鲁山、郏县、宝丰一带。
1925年10月，吴佩孚拼凑十四省联军，坐镇武汉，趁樊钟秀率军攻晋之机，命令寇英杰、靳云鹏、刘镇华进入河南。寇英杰率贺国光、贾万兴、孙建业等师旅从京汉路北攻，刘镇华从豫陕交界处攻豫西。樊命所辖3个师、2个旅约3万众，退至鲁山、宝丰、襄城、郏县、登封等地，并派鲁子明、姚振坤等4人与寇英杰接洽，愿意让出登封、襄城、郏县。1926年3月18日，樊钟秀通电下野，先退居登封少林寺，后遁入鲁山石人山中隐居。由于吴佩孚对樊部不包容，必欲置之死地，6月下旬，樊钟秀从鲁山复出，发表《忠告豫民电》，声讨吴佩孚祸豫的罪恶。樊钟秀命令其四弟樊钟华率1000余人出鲁山，当日占领南召县和南阳县之石桥镇，南召驻军投降。6月6日，樊钟华、赵天清等部3000余人兵临南阳城下，镇嵩军张治公部被击溃，代理南阳镇守使张宗汾失踪，吴军旅长、前代理南阳镇守使张慕通、游击司令吕光华被俘，留守部队孙建业部逃至城东被缴械。7月，樊军进占新野、内乡、邓县、镇平等13个县，总司令部设于南阳。
1926年7月，广州政府派凌钺、李道源赴南阳，希望樊钟秀出兵武胜关，接应北伐。8月28日，谭延闿、蒋介石派郑曜午送去写给樊钟秀的亲笔信。当夜，樊军分别由南阳、邓县、淅川等地突破包围圈，樊亲率第1、2军急进，攻占京汉线上信阳以南的东双河车站，乘胜连克柳林、武胜关。10月打败张联升等部，占领信阳平靖官、广水、花园、孝感等地，与北伐军会师武汉。这时，蒋介石任命樊钟秀伟国民革命军第13军军长。但是，樊钟秀拒绝改编、坚持建国军旗号。
1930年初，阎锡山、冯玉祥联合反对蒋介石。蒋介石让樊钟秀回河南召集旧部相助，并委任他为豫陕边防军总指挥。樊钟秀回到河南召集旧部3个师，约4万人，司令部设在许昌。这一年的3月份，冯玉祥也委任樊钟秀为第八方面军总司令，并亲临许昌与他商议合作。樊钟秀说：“蒋介石叛变了革命，我正要打他。”随即，他率领部队进军许昌，担任平汉铁路正面作战任务，这一位置在当时的战场形势下举足轻重。
由于樊钟秀部所处位置殊为关键，蒋介石深以为虑，遍访南京政府中与樊钟秀素有关系的人物，叮嘱他们或发函电、或登门劝樊钟秀脱离阎冯二人，归顺自己，并亲自派人到达许昌，以拨大洋15万元的条件，请樊钟秀移防荆紫关，让出许昌，以便直取郑州冯玉祥部大本营。樊钟秀对这些都严词拒绝并印发告官兵书，历数蒋介石违反总理遗教、背叛革命的种种行径，同时将南京方面所来的函电以及复电也附文印发，以表示其坚决反蒋到底的决心，在全国上下引起强烈反响。
鉴于劝降、收买不成，蒋介石便令第五军团何成浚部的徐源泉、上官云相等3个师围攻临颖。蒋军凭借其装备优良，人多势众，以铁壁合围之势展开猛烈攻击。此时，樊钟秀的队伍处于下风，苦战不支。蒋军攻入城内，守军孙世贵、王泰不在激烈巷战后，乘夜色退出城外。此战樊军被俘3000余人，被缴枪2000余支，机枪17挺，迫炮20余门，无奈只好退守许昌。期间，冯玉祥虽然多次派兵增援，均被蒋军阻击，仍不能扭转战局。
1930年6月4日，驻守许昌的樊钟秀坚持要亲自到南关视察战况。回城到达南门时，一架蒋军飞机低飞侦察，随从、卫兵等劝他进入城门洞中躲避。但他一生在枪林弹雨中从不畏缩，不但没有躲避，反而站立桥头，仰首大骂。这是，只听轰然一声，敌机投下一颗炸弹，浓烟散后只见樊钟秀倒于血泊之中。随从赶紧救起，在司令部中展开急救，由于伤势过重，第二天灵城，樊钟秀不治而亡，时年仅42岁。后来，他的灵柩被运至北京，葬于西山碧云寺，一代革命英雄就此魂归黄土。